Una volta installato Joomla!, la prima cosa da fare è impostare correttamente il sito accedendo all’apposito pannello e cliccando sull’icona Configurazione, oppure selezionando la voce Configurazione globale nel menu Sito. Questa icona, e la corrispondente voce di menu, compare solo se si accede al lato amministratore quale Super User, che è in sostanza colui il quale ha installato Joomla!, oppure un altro utente che riceve gli stessi permessi dal Super user.
Il pannello di Configurazione Globale è formato da quattro schede che portano a diverse sezioni, dalle quali si gestiscono le modifiche del file configuration.php, che è posizionato nella cartella principale (root) di Joomla! e contiene le informazioni fondamentali per il corretto funzionamento del sito.
Joomla! offre numerosi aiuti nella gestione del sito. Tenendo presente che posizionando il mouse sulle varie voci il sistema visualizza un aiuto (tooltip) per quello specifico parametro.
In altri casi i tooltip si ottengono posizionando il mouse su determinati link, oppure su altri elementi grafici presenti nelle varie pagine del pannello di controllo.
All’interno del pannello di amministrazione le icone in alto a destra consentono il salvataggio senza uscire dalla pagina (Salva), il salvataggio uscendo dalla pagina per giungere alla pagina gerarchicamente superiore (Salva e Chiudi), oppure la chiusura della pagina senza salvare le modifiche apportate (Chiudi). L’ultima icona è quella che apre la pagina di Aiuto. 
Le schede sono: Sito, Sistema, Server e Permessi.