La gestione di un sito Joomla! avviene tramite il pannello di amministrazione (back-end) che rende tale attività molto semplice. Ad esso si può accedere direttamente dalla prima pagina (home) del sito, cliccando sulla voce Amministrazione del Menu Principale.
Nel caso non fossero stati installati i dati di esempio, questa voce di menu non sarebbe presente nel sito. Comunque è sempre possibile reinserirla creando una nuova voce di menu di tipo Url esterno ed inserendo nel campo Link il link al pannello di amministrazione, cioè: administrator.
Tutte le operazioni di amministrazione del sito Joomla!, cioè la configurazione, l’installazione di componenti, moduli, plugin e template, l’inserimento di contenuti, si effettuano dal back-end, anche se alcune operazioni è possibile effettuarle anche dalla parte pubblica del sito (front-end).
E’ possibile, inoltre, accedere direttamente al pannello di amministrazione, senza passare per la home page, digitando la seguente Url nel campo indirizzi del browser: http://miosito.it/administrator/
Per il corretto funzionamento del pannello di amministrazione è necessario che nel browser Javascript sia abilitato.
I dati di accesso (Nome utente e Password) al pannello di amministrazione vengono forniti al momento dell’installazione di Joomla!. Di default il nome utente è admin, mentre la password va scelta durante la fase di installazione. Entrambe le credenziali sono modificabili in qualsiasi momento dall’interno del pannello di controllo, anzi è decisamente raccomandato cambiarle per motivi di sicurezza. Per quanto riguarda la lingua si può lasciare selezionata quella predefinita, essendo la versione di Joomla! già tradotta integralmente in italiano. 
Inserendo le credenziali di accesso e cliccando su Login si accede immediatamente alla pagina principale del pannello di Amministrazione, che si presenta con un’interfaccia formata da menu, icone (o radio button) e schede. Ovviamente la grafica del pannello di controllo può differire a seconda delle varie versioni di Joomla!, oppure se sono stati installati dei template ulteriori per il pannello di amministrazione. Infatti, oltre al sito vero e proprio, anche il back end deve la sua grafica ad un template modificabile o sostituibile con altri.
Il pannello di controllo è strutturato in aree separate, in modo da non creare alcuna confusione agli amministratori. Sul lato sinistro presenta una serie di menu in alto ed alcune icone grandi in basso, cliccando sulle quali si accede ad apposite sezioni dell’amministrazione. Sul lato destra abbiamo una serie di schede informative che forniscono i dati principali sul sito. Ed infine presenta una sezione per i messaggi in alto a destra.
Il pannello informativo presenta delle schede a scomparsa per far apparire le quali occorre cliccare sul relativo titolo, schede che riportano le informazioni basilari del sito. Abbiamo così: gli ultimi 5 utenti connessi, l’elenco dei 5 articoli più letti con il conteggio delle visite ricevute, i 5 articoli più recenti con l’indicazione della data di creazione e dell’utente che lo ha redatto.
L’area messaggi, in alto a destra nella barra dei menu, indica gli utenti connessi registrati, gli amministratori connessi al pannello di controllo, ed infine eventuali messaggi privati per l’amministratore in quel momento loggato nel back end. Cliccando sull’indicazione di messaggi presenti si viene portati direttamente alla pagina del pannello di controllo che visualizza i messaggi.
L’indicazione degli utenti connessi riguarda il sito, e in particolare l’amministratore (o Super User) è indicato tra gli utenti connessi solo se è loggato anche nel sito. Nel nostro caso, infatti, l’amministratore, essendo è loggato solo nel back end e non nel front end cioè nel sito, è indicato solo tra gli amministratori connessi.
Rimanendo sempre nella barra dei menu, di seguito troviamo il link Vedi sito, cliccando sul quale si apre il sito in una nuova finestra, e poi il link Esci, che consente all’utente che si trova connesso al pannello di uscire dall’amministrazione e tornare alla pagina di login per il back end.
Le icone presenti nella parte sinistra sono le seguenti:
A) Nuovo articolo: dalla quale si accede direttamente alla pagina dell’editor selezionato globalmente in Configurazione, oppure quello selezionato per i singoli utenti in Gestione utenti, al fine di inserire nuovi articoli o contenuti;
B) Gestione articoli: conduce alla pagina dove sono elencati tutti gli articoli presenti nel sito, dalla quale è possibile gestire i singoli articoli od accedere alle Opzioni relative ai contenuti;
C) Gestione categorie: conduce al pannello di gestione delle categorie, precisando che da Joomla! 1.6 in poi non esistono più le sezioni, ma solo le categorie, che però sono nidificabili in modo da costruire gerarchie decisamente più profonde e complesse di quanto consentisse la precedente versione di Joomla;
D) Gestione media: conduce al pannello di gestione dei media del sito, cioè immagini, video ed altro, che sono contenuti nella cartella /images/stories/ e nelle sue sottocartelle;
E) Gestione menu: conduce al pannello di gestione dei menu del sito;
F) Gestione utenti: conduce al pannello di gestione degli utenti registrati nel sito;
G) Gestione moduli: conduce al pannello di gestione dei moduli, ed è di fatto la duplicazione della voce Gestione moduli nel menu Estensioni;
H) Gestione estensioni: conduce al pannello di gestione delle estensioni, ed è di fatto la duplicazione della voce Gestione estensioni nel menu Estensioni;
I) Gestione lingua: conduce al pannello di gestione delle lingue attivabili nel sito, ed è la duplicazione della voce Gestione lingua nel menu Estensioni;
L) Configurazione: da qui si accede al pannello di configurazione globale del sito, ed è la duplicazione della voce Configurazione globale nel menu Sito;
M) Gestione template: conduce al pannello di gestione dei template del sito, ed è di fatto la duplicazione della voce Gestione template nel menu Estensioni
N) Modifica profilo: conduce al profilo dell’utente loggato, che è in sostanza il pannello di gestione di quello specifico utente, senza però la scheda di assegnazione dei permessi.
Prima di iniziare a prendere confidenza col panello di controllo è importante precisare che non va mai utilizzato il tasto Torna indietro del browser, che porterebbe alla perdita di dati ed al blocco di voci nel database di Joomla!. Nel caso in cui avessimo inserito delle informazioni errate od effettuato delle modifiche che non ci convincono, è indispensabile utilizzare solo le apposite icone inserite nelle varie pagine, principalmente l’icona Chiudi, che consente di uscire dalla pagina senza registrare le modifiche.
Nelle varie schermate troveremo delle icone di grandi dimensioni in alto a destra, le cui voci sono Salva, Salva e Chiudi, Salva e Nuovo, Salva come Copia, Chiudi. In genere si trovano alcune di queste icone, talvolta tutte insieme.
E’ importante fin da ora chiarire, al fine di evitare perdite di dati, come vanno usate correttamente. Nel caso in cui si vogliono applicare le modifiche apportate ma non uscire dalla pagina di editing del contenuto, si deve usare l’icona Salva. Nel caso in cui vogliamo applicare le modifiche ed uscire dalla pagina per tornare alla pagina gerarchicamente superiore, si deve usare l’icona Salva e Chiudi. Se invece vogliamo applicare le modifiche ed aprire una pagina per immettere un contenuto dello stesso tipo di quello che stiamo editando, utile nel caso dovessimo scrivere più articoli di seguito, si usa Salva e Nuovo, mentre invece Salva come Copia consente di salvare una copia del contenuto che stiamo editando, in tal modo possiamo utilizzarla come base per un contenuto con impostazioni od elementi comuni.
Se invece non vogliamo applicare le modifiche ma solo uscire dalla pagina senza salvare nulla, allora dobbiamo usare l’icona Chiudi con la X bianca in campo rosso. Questo è l’unico modo corretto per procedere all’interno del pannello di controllo di Joomla!.